Bár Barack Obama elnök 2009-ben megpróbálta felszámolni a fogolytábort, a raboknak végül nem találtak befogadóhelyeket, a hatályos törvények pedig tiltják a guantánamói őrizeteseket közpénzből szállítását. Így ott folytatják le a büntetőpert. Khalidot és társait a 2001. szeptember 11-i merényletekkel összefüggésben terrorizmussal, gépeltérítéssel, összeesküvéssel és gyilkossággal vádolják, de az amerikai ügyészség szerint Khalid számlájára írható a 2002-es, több mint 200 halálos áldozatot követelő bali robbantás, és a Világkereskedelmi Központ elleni 1993-as merénylet is. A szeptemberi támadás kitervelését korábban már beismerő Khalid Sheikh-et 2003-ban, Pakisztánban fogták el, 2006 óta van a fogolytáborban.
Bár az eljárás lefolytatása és az ítélet végrehajtása között akár több év is eltelhet, amennyiben a hadbíróság a vádlottakat bűnösnek találja, akár halálbüntetéssel is sújthatja őket. A kivégzés módjáról a Pentagon dönthet. Egyes kritikusok szerint azonban a tényleges életfogytiglani börtönbüntetés jobban megfelelne Amerika politikai érdekeinek.
