A református egyház belső természetéből adódóan a hivatalos vezetés lecserélése nem volt olyan nehéz, mint a katolikus egyház esetében. Épp ezért nagyon hamar megalakult a református egyházon belül a hatalmat kiszolgáló püspöki réteg, az egyházvezetés egyre jobban elválik az egyház tömegeitől. Ez a helyzet 1956 után még keserűbben élt az egyháziak szívében. – ismertette az alaphelyzetet Kis Réka, az MTA tudományos munkatársa.
Vincze Gábor az Emlékpont egyháztörténésze rámutatott, hogy Rákosiék kezdetektől eltérő ódon kezelték a protestáns felekezeteket, és a katolikus egyházat, emiatt is fordulhatott elő az, hogy a katolikus egyházzal kötött szerződésekre jó 2-3 évvel később került sor, mint a protestáns egyházakkal kötött megegyezésekre. A "klerikális reakció" arcát Mindszenty szolgáltatta, a protestáns egyházak a kommunisták szemében tehát "jófiúknak" voltak ravasz módon beállítva.
Ravasz László eltávolítása, és a kommunista párttag, Péter János kinevezésének gyorsasága a református egyház presbiteriánus szervezete révén is jóval könnyebb volt, mint a katolikus egyház ellenállásának megtörése. Bereczky Albert püspök a diktatúra kiépülésével párhuzamosan a passzív elfogadás politikájából az aktív együttműködésébe váltott. Mindezzel párhuzamosan az egyházakon belül baloldali megújhodási és lelkiségi mozgalmak is szárnyra kapnak a szociális érzékenység mentén. Vannak akik emiatt a pár karjaiba hullanak, mások belső ellenzékiségbe váltanak.
A folyamatot természetesen 1951 májusában tetőzi be az Állami Egyházügyi Hivatal létrehozása, amely jó időre szigorú keretek közé helyezi az egyházak mozgásterét. A protestáns egyházak, mint nemzeti egyházak a nemzeti sorskérdések iránt mindig is fogékonyabbak voltak, a nacionalizmus vádjával mindig könnyebb volt megbélyegezni őket. 1951-ben sorra indulnak a koncepciós perek is, ezek közül a református egyházat az úgynevezett KIE-per sujtotta, mely később a többi egyházi koncepciós eljárás mintájává lett. A protestánsok a Mindszenty, Grősz perekhez hasonló nagy eljárásokat megússzák ugyan, de az egyházi élet korlátozott szabadsága csak 1958-tól válik lehetővé. A húzd meg- ereszd meg a rendszerváltásig folyamatos. 1956 kapcsán is kivégeztek egyházi személyeket, 1958-ban lett mártírrá Gulyás Lajos lelkész.
