A középkori Európa nem ismerte a vallási türelmet, a római katolikus egyház a tanaitól való legkisebb eltérést is eretnekségnek bélyegezte. Nem hozott megértést vagy türelmet az eltérő vallási felfogások iránt a reformáció sem, legnagyobb alakjai úgy vélték, hogy a "libertas conscientiae", a lelkiismereti szabadság, a más hiten lévők megtűrésének gondolata a sátán találmánya, melynek egyedüli célja, hogy az emberekben kételyt ébresszen, meggyöngítve hitüket.
Miután az évtizedes vallásháborúk során nyilvánvalóvá vált, hogy egyik fél sem tudja a másikat meggyőzni vagy térdre kényszeríteni, az együttélést valamilyen módon rendezni kellett. A Német-római Birodalomban 1555-ben megkötött augsburgi vallásbéke kimondta ugyan az evangélikus vallás egyenjogúságát a katolikussal, de a szabad vallásválasztást és -gyakorlást nem engedte meg. Az alattvalóknak követniük kellett a fejedelmek vallását az akié az ország, annak vallása követendő (cuius regio, eius religio) elv alapján.
Magyarországon az 1526-os mohácsi vészt követően gyorsan elterjedt a protestantizmus. Az 1542-től önálló Erdélyi Fejedelemségben az 1550-es évekre a lakosság nagy része a lutheri reformációhoz csatlakozott János Zsigmond fejedelemmel együtt, katolikusnak csak a Székelyföld egy része, Csíkszék és néhány főúri család maradt meg.
Az 1557. évi országgyűlés törvényben bevett vallássá nyilvánította az evangélikus vallást, és a katolikussal azonos jogokat biztosított számára. Amikor a magyar lakosság és a fejedelem a reformáció kálvini irányzatához csatlakozott (a szászok megmaradtak lutheránusnak), az 1564. évi tordai országgyűlés bevett vallássá nyilvánította a kálvinizmust is. Az erdélyi reformáció harmadik ága akkor alakult ki, amikor a reformátusok egy része az unitáriusnak nevezett antitrinitárius (Szentháromság-ellenes) tanokhoz pártolt, így tett udvari papja, Dávid Ferenc hatására János Zsigmond fejedelem is.
Ezek után tartották 1568. január 6-13. között az újabb tordai országgyűlést, amely egyenjogúsította az unitárius vallást is, így alakult ki a négy bevett vallás, a katolikus, evangélikus, református és unitárius.
Az országgyűlés addig sehol nem ismert mértékben foglalta törvénybe a lelkiismereti és vallásszabadsághoz való jogot, pontosabban az erdélyi gyülekezetek számára a szabad lelkészválasztást. A rendek által elfogadott határozat kimondta:
Midőn helyökön a prédikátorok az evangéliumot prédikálják, hirdessék, kiki az ő értelme szerint, és az község ha venni akarja, jó, ha nem penig senki kényszerítéssel ne kényszerítse az ű lelke azon meg nem nyugodván; de oly prédikátort tarthasson, az kinek tanítása ő néki tetszik. Ezért penig senki ... az prédikátorokat meg ne bánthassa, ne szidalmaztassék senki az religióért senkitől, ... mert a hit Istennek ajándéka.
Erdély e téren messze megelőzte Európa fejlettebb, nyugati részét, a vallási toleranciában példát mutatott a világnak. Államvallás nem volt, az uralkodói hatalom fölötte állt az egyházinak, de nem volt joga a vallások között bármilyen szempontból különbséget tenni.
A vallási türelmetlenségben izzó Európában Erdély a felekezeti béke szigete lett, e törvény tiszteletben tartása teremtette meg annak lehetőségét, hogy a keresztény felekezetek viszonylagos békében élhessenek egymás mellett, saját szellemi értékeikkel gazdagítsák szülőföldjüket.
A Magyar Unitárius Egyház az 1568. évi tordai országgyűlés vallásügyi határozatától kezdődően számítja létét. Az Erdélyben megvalósult felekezetközi békét Európában csak a katolikusok és protestánsok közötti harmincéves vallásháborút 1648-ban lezáró vesztfáliai béke teremtette meg.
