José Manuel Barroso egyik utolsó hivatalos fellépése volt, amikor az Európai Bizottság (EB) leköszönő elnöke jelképesen átadta a helyét utódjának, Jean-Claude Junckernek, aki az ünnepségen leleplezte Barroso portréját – a kép a bizottság Berlaymont épületében, az elnökök galériájában kapott helyet. Az 58 éves portugál politikus két ötéves cikluson keresztül vezette az Európai Unió kezdeményező-végrehajtó testületét. Barroso első elnöki időszakában a fő feladatok az unió bővítése és elmélyítése voltak, 2010-ben kezdődött második ciklusa viszont a válságkezelésről szólt.
– Azt kell mondjam, ez tíz különleges, nagy nehézségekkel teli, de politikai és személyes szempontból nagyon fontos év volt. Sok kihívással kellett megküzdenünk, de azt mondhatom, végül sikerült megbirkóznunk egy addig példa nélküli válsággal, amely Európát fenyegette, és amely az euró és az Európai Unió rugalmasságának eddig nem tapasztalt próbája volt – mondta a EB leköszönő elnöke.
Juncker szerint elődje az egyre hangosabb bírálatok ellenére is magabiztosan vezette a testületet. „José Manuel Barroso nagyszerű elnöke volt az Európai Bizottságnak, és bár a bizottságot és elnökét mindig kritizálták, Barroso mindvégig éber maradt, és táplálta azokat a törekvéseket, amelyek túlmutatnak az élettartamunkon, hiszen vannak fontosabb dolgok, mint a saját életrajzunk. Barroso elnök úr mindig az az ember volt, aki ki tudta mondani a dolgokat úgy, ahogy vannak, és ahogy lenniük kellene.”
Barroso nevéhez fűződik többek közt a lisszaboni szerződés. A dokumentum a 2001-es tervek szerint az unió alkotmánya lett volna, ám ezt 2005-ben a franciák és a hollandok is elutasították. A politikai és jelképes tartalom lenyesése után kialakult szerződésre végül 2007-ben, a portugál fővárosban került az akkorra már 27 tagország vezetőjének aláírása. A lisszaboni szerződés egyfelől jelentősen redukálta a tagállami vétó lehetőségét, gördülékenyebbé téve a munkát az eredeti hatokhoz képest jócskán megnövekedett létszámú tagállami tanácsban.